Jabatan Perikanan telah ditubuhkan pada tahun 1966 dan mula beroperasi pada awal tahun berikutnya dengan dua pegawai profesional warga asing serta 15 orang kakitangan tempatan. Pada ketika itu, jabatan ini beroperasi di Bangunan Kastam Diraja yang terletak di pusat ibu negara Bandar Seri Begawan, yang ketika itu dikenali sebagai Bandar Brunei. Setelah siapnya Bangunan Memorial Churchill, pejabat Jabatan Perikanan berpindah ke bangunan tersebut.

Bangunan Memorial Churchill selain menempatkan Jabatan Perikanan, turut menempatkan Akuarium Hassanal Bolkiah yang mengandungi akuarium air tawar dan marin, serta sebahagian daripada Jabatan Muzium yang merangkumi Muzium Winston Churchill. Akuarium Hassanal Bolkiah telah dirobohkan pada tahun 1991 bagi memberi laluan kepada pembinaan Pameran Regalia Diraja, manakala Jabatan Perikanan berpindah ke kawasan sewaan di Kompleks Bangunan Athirah. Pada bulan Mac 1996, Jabatan Perikanan telah berpindah sekali lagi ke bangunan baharu Kementerian Perindustrian dan Sumber-Sumber Utama.

Pada peringkat awal penubuhannya, sebahagian besar sumber tenaga manusia dan kewangan jabatan (sekitar 60%) telah ditumpukan kepada pengurusan serta operasi Akuarium Hassanal Bolkiah dan juga sebuah ladang ikan air tawar di Kampung Tungku, Daerah Brunei dan Muara. Baki sumber tenaga manusia dan kewangan pula telah ditumpukan kepada khidmat bagi sektor perikanan tangkap tradisional. Walau bagaimanapun, Jabatan Perikanan telah menyedari kepentingan sumber ikan marin dan pada tahun 1968, satu tinjauan ringkas telah dijalankan di Perairan Brunei. Walaupun skop tinjauan tersebut agak terhad, hasil kajian menunjukkan terdapat sumber ikan yang sederhana yang berpotensi untuk dibangunkan, di samping memerlukan penyelidikan lanjut bagi menentukan saiz sebenar sumber tersebut.